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La Secretaría General, cuyo titular tiene rango de Director General, dependerá directamente de la Dirección Gerencia del Organismo, teniendo asumidas las competencias en materia de gestión de personal, régimen jurídico, gestión económica, contratación y sistemas informáticos.
El nombramiento y cese de su titular corresponderá al Consejo de Gobierno de la Junta de Extremadura, a propuesta del titular de la Consejería competente en materia de empleo.

Funciones de la Secretaría General:

• La asistencia jurídica, técnica y administrativa del Organismo.
• La gestión de los recursos humanos, materiales y financieros asignados para el desarrollo de sus funciones.
• La tramitación, control y seguimiento de las contrataciones administrativas y la elaboración de proyectos de planes generales de actuación.
• La elaboración y aprobación de la nómina del personal adscrito al Servicio Extremeño Público de Empleo, a propuesta del Director General competente en materia de Función Pública y de acuerdo con las directrices de política retributiva emanadas desde esta Dirección General.
• La selección del personal laboral temporal, en los casos en los que la normativa de función pública atribuya dicha competencia a las Consejerías, así como la gestión de las correspondientes bolsas de trabajo, de conformidad con las directrices emanadas de la Dirección General competente en materia de Función Pública.
• La autorización para la asistencia a cursos de selección, formación y perfeccionamiento del personal.
• La concesión de permisos y licencias.
• La concesión de gratificaciones por servicios extraordinarios en los términos previstos en la Ley de la Función Pública y demás normativa aplicable.
• Todos aquellos actos de administración y gestión ordinaria del personal, que no figuren atribuidos a otros órganos.
• La gestión económica general del Organismo Autónomo.
• La elaboración de la propuesta de anteproyecto de presupuestos del Organismo Autónomo.
• La proposición de las modificaciones de créditos en los términos establecidos en la Ley 5/2007, de 19 de abril, General de Hacienda Pública de Extremadura.
• El control presupuestario y de ejecución de créditos, la planificación y el establecimiento de los objetivos presupuestarios por centros de gasto.
• El control del patrimonio adscrito y la realización de estudios de necesidades y de optimización de costes, recursos y ahorros energéticos.
• La elaboración del Plan Director de Obras del Servicio Extremeño Público de Empleo, la planificación anual de obras e inversiones y el análisis de las necesidades de mantenimiento, reformas y construcción.
• Aquellas otras que expresamente le sean atribuidas o delegadas.

La Secretaría General se estructura en los siguientes servicios:

• Servicio de Personal y Régimen Jurídico.
• Servicio de Gestión Económica y Contratación.
• Servicio de Planificación y Sistemas.